Mahkeme protokollerin önce Anayasa'ya uygun olduğunu açıkladı. Ancak  daha sonra yayınladığı gerekçeli kararda, adeta cambazlık yaparak Ankara`nın değerlendirmesine göre, 'Kabul edilemez ön koşullara yer veren Ermenistan, Anayasa Mahkemesi`nin kararı, iki ülke arasındaki güven bunalımını doruğa çıkardı'.

Gerekçeli kararda mahkeme, Ermenistan'ın Türkiye ile olan mevcut sınırını hukuki olarak tanımayı reddediyor. Böylece, 1921 yılında Kars Antlaşması'nın geçerli sayılmayacağı sonucu çıkıyor.

Türkiye'nin 'Karabağ Koşulu'nun kabul edilemeyeceği görüşünü de benimseyen mahkeme, Türkiye'nin, protokollerde kurulması öngörülen tarih komisyonunun amacının 1915 Olayları'nın incelenmesi olduğu yorumunu da reddediyor.

Türkiye'nin karara yönelik tepkisi ise, sert oldu. Ermenistan' ı metin üzerinde operasyon yapmaya kalkışmakla suçlayan Başbakan Erdoğan, bunun bir an önce Ermenistan hükümeti tarafından düzeltilmesini istedi. Başbakan Erdoğan'ın açıklamaları iki ülke arasındaki ipleri daha da gerdi. Ermenistan’da Devlet Başkanı Serj Sarkisyan liderliğindeki Cumhuriyet Partisi'nden Başbakan Erdoğan'a ağır eleştiriler geldi. Cumhuriyet Partisi'nin Sözcüsü Eduard Şarmazanov, Başbakan  Erdoğan’ın açıklamalarını ‘anormal ve saçma’ olarak niteledi. "Erdoğan bu türlü saçma sapan açıklamalarla tecrübeli bir politikacı izlenimi bırakımıyor. Sanki önümüzde bir ziraat mühendisi bulunuyor" diyen Şarmazanov, Ankara’nın Erivan önünde bir takım "yapay engeller" ortaya koyduğunu savundu.

Şarmazanov, Dağlık Karabağ konusunda Türkiye'nin arabulucuk gibi bir görevinin olmadığını da öne sürdü. Ermeni politikacı, "Sarkisyan net olarak söyledi, Ankara soruna karışmamalı. Türkiye’nin en büyük katkısı da bu olur" dedi.