Başbakan Erdoğan, Azerbaycan Parlamentosu'nda yaptığı konuşmada; Karabağ sorunu çözülmeden kesinlikle sınır kapısının açılmayacağını söylemişti. Ancak protokol, Karabağ ile ilgili herhangi bir ön şart içermiyor. Protokollerle Ermenistan'la diplomatik ilişki kurulması ve sınırların açılması bir takvime bağlanıyor.

Diplomatik ilişkilerin kurulması  ile ilgili protokolde kritik paragraf şöyle: "İki ülke, eşitlik, egemenlik, üçüncü ülkelerin içişlerine karışmama, toprak bütünlüğü ve sınırların dokunulmazlığı prensiplerine hem ikili ilişkilerinde, hem de uluslar arası ilişkilerinde uymayı yeniden taahhüt ederler".

Protokolün bir diğer maddesinde ise karşılıklı diplomatik ilişkilerde atılacak adımlara dikkat çekiliyor ve şöyle deniliyor: "İki taraf bu protokolün imzalandığı gün diplomatik ilişkileri düzenleyen 1961 tarihli Viyana Protokolü çerçevesinde diplomatik ilişki kurmaya ve karşılıklı diplomatik misyonlar oluşturmaya anlaşmışlardır".

Protokolde yer alan en dikkat çekici madde ise Ermenistan sınırının açılmasını öngören ifadelerin bulunduğu paragraf. İlgili maddede ise "Bu protokol ve Türkiye Cumhuriyeti ile Ermenistan Cumhuriyeti arasında ikili ilişkilerin geliştirilmesi protokolü aynı gün ve esasen onay belgelerinin değişimini takip eden ilk ayın ilk günü yürürlüğe girecektir. Bu protokolün yürürlüğe girmesinden itibaren 2 ay içerisinde ortak sınırın açılması hususunda anlaşmışlardır" yazıyor.

Protokollerin açıklanmasının ardından Ermenistan’da da tıpkı Türkiye’de olduğu gibi yoğun siyasi tartışmalar başladı. Ermenistan Hükümeti her ne kadar Türkiye’yle imzalanan protokolleri kamuoyuna diplomatik bir zafer gibi yansıtsa da, muhalefet ve diaspora, protokolün birçok maddesinin Ermenistan’ın aleyhine olduğunu öne sürerek protokollere şiddetle karşı çıkıyor.

Türkiye'de de muhalefet, protokolleri ihanet olarak değerlendiriyor. MHP Genel Başkanı Devlet Bahçeli imzalanan protokolü diplomoside örneği olmayan bir garabet olarak nitelendiriyor. Başbakan Erdoğan'ı "Protokolleri sakın Meclis'e getirme" diyerek uyaran CHP Lideri Deniz Baykal, Ermenistan'ın Karabağ topraklarındaki işgali sona ermedikçe protokollere onay vermeyeceklerini açıklamıştı.