Silivri Cezaevi’nde 497. gününü dolduran Cumhuriyet Gazetesi Yazarı Mustafa Balbay, aynı koğuşu paylaştığı Gazeteci-Yazar Tuncay Özkan ve Emekli Albay Atilla Uğur, Meclis İnsan Hakları Komisyonu'na başvurdu. Gazeteci  Yazar Mustafa Balbay, Gazeteci Tuncay Özkan ve terör örgütü elebaşını Türkiye’ye getiren ekipte yer alan Emekli Albay Atilla Uğur, Komisyon Başkanlığı’na gönderdikleri 5 Temmuz 2010 tarihli ortak dilekçede, cezaevindeki uygulamalar ve koşullardan yakındı. Komisyon Başkanı Zafer Üskül’den acil görüşme talebinde bulunulan dilekçede "Sistematik zulüm altındayız"  ifadelerine  yer verildi.

Mustafa Balbay,  Tuncay Özkan ve  Emekli Albay Atilla Uğur dilekçede, Silivri cezaevinde bulunan Ergenekon tutuklularına insan hakları yasa ve yönetmeliklerine  aykırı uygulamalar yapıldığını bu uygulamaların da sistematik hale dönüştüğüne dikkat çekiyor. Emekli Albay Uğur, Komisyon'un 2009 Şubat'ında Silivri Cezaevi’nde yaptığı inceleme sırasında görüştüğü komisyon üyelerine de bir mektup vererek, cezaevindeki koşullardan ve kendilerine uygulanan psikolojik baskıdan şikayet etmişti. Albay Uğur mektubunda, Savcı Zekeriya Öz’ün sorgusu sırasında Emekli Orgeneraller Şener Eruygur ve Hurşit Tolon’la ilgili bildiklerini anlatması karşılığında kendisini serbest bırakma vaadinde bulunduğu iddiasında da bulunmuştu.

Meclis  İnsan Haklarını İnceleme Komisyonu içinde oluşturulan alt komisyon 26 Şubat 2009’da Silivri Cezaevi’nde incelemelerde bulunmuş, aralarında Atilla Uğur, Eski Türk Metal Sendikası Genel  Başkanı Mustafa Özbek, ve o dönem tutuklu olan Gürbüz Çapan’ın da bulunduğu tutuklularla görüşmüştü. CHP’li Komisyon Üyesi Malik Ecder Özdemir’in “tutukluluk sürelerinin uzunluğu ve tutukluluğun infaza dönüştüğü” yönündeki eleştirilerine karşın Komisyon, “yargıya intikal etmiş olayla ilgili inceleme yapılamayacağı” gerekçesiyle, sadece cezaevinin fiziki koşulları ve “fiziksel işkence” olup olmadığı iddialarını incelemişti. Komisyon Başkanı Zafer Üskül’ün, Komisyon tarafından kabul edilen inceleme raporunu  gönderdiği Adalet Bakanı Sadullah Ergin ise yakınma konusu olan tüm sorunların çözüldüğünü ileri sürmüştü.

Mustafa Balbay, Tuncay Özkan ve Emekli Albay Atilla Uğur'un dilkeçesini işleme alan Komisyon Başkanı Zafer Üskül, dilekçenin bir örneğini de Adalet Bakanlığı’na gönderdi. Üskül, başvuru üzerine Balbay, Özkan ve Uğur’a yazılı yanıt göndererek, sorunlarını ve sıkıntılarını detaylı olarak anlatmalarını da istedi.